La construction de ce monastère date probablement de l'époque carolingienne. Il s’agissait d'un monastère bénédictin qui sera ensuite affilié à l'ordre cistercien en 1189. Une bulle du pape Urbain IV le détache de l'évêché de Bazas et le prend sous sa protection.
En 1593, l'abbaye subit les attaques de Protestants et est en partie brûlée.
À la Révolution française, les moines sont chassés et le monastère, bien national, est vendu le 30 mars 1791.
En 1885, les bâtiments sont rachetés par la famille Tamize qui commence la restauration. La gouvernante de cette famille, Louise Ripas, guérie à Lourdes, est à l'origine de la création au Rivet d’une grotte semblable à celle de Lourdes. Lors du creusement de cette grotte, une source jaillit sur l'emplacement. Un certain nombre de transformations des bâtiments lui est dû visant à leur donner un cachet médiéval, dont une tour donjonnée, une échauguette, des encorbellements et des meurtrières.
C’est en 1938-1939 que les moniales cisterciennes, installées à Blagnac (Haute Garonne) depuis 1850 (fondation de Maubec, dans la Drôme), vinrent s'installer au Rivet, cherchant depuis 1936 un autre lieu pour leur monastère depuis la construction de l’aéroport de Toulouse. C’est la présence de la grotte qui décida l'abbesse de l’époque à opter pour ce lieu car une des religieuses de son abbaye, Jeanne Védère (en religion : sœur Gertrude) était la cousine de Bernadette Soubirous.Actuellement cette communauté compte une quinzaine de moniales. Pour plus de détails sur ce monastère, voir le site http://www.abbayesaintemariedurivet.com/